1884年中法马江之战后，清王朝在福建马尾敕建马江昭忠祠，供奉祭祀马江之战烈士，成为中国历史上第一座海军专祠。十年后，甲午战争爆发，北洋海军力战捐躯，然而由于最终的覆师之惨，战后除死事最烈的邓世昌被清廷下谕入祀京师昭忠祠外，其余殉难将士长期处于未被清王朝关注的境地。直到1904年经北洋水师统领叶祖珪向直隶总督袁世凯申请，才最终在1911年于天津建成了北洋海军昭忠祠，然而这座昭忠祠命运坎坷，辛亥革命之际被学校占用，以至于甲午海军烈士专祠复归于无。

时间到了1918年，曾是北洋海军旧将的海军总司令蓝建枢祭拜马江昭忠祠时，目睹当时昭忠祠建筑颓败的景象，计划筹集资金加以整修，同时也萌生了为自己往昔的战友、甲午烈士们建祠的设想，于1920年联合第一舰队司令蒋拯、第二舰队司令杜锡珪、福州船政局局长陈兆锵联合上书，向同样也曾是甲午海军中人的大总统黎元洪申请，希望拨款对马江昭忠祠进行扩修，同时将甲午海军烈士名录列入其中一并祭祀。

在这一提案推动过程中，事有凑巧的是，1921年的春天，甲午殉国的北洋海军“经远”舰枪炮二副韩锦的儿子韩和宠向海军方面提出申请，希望能将其父亲列入马江昭忠祠一并祭祀，这种来自烈士后裔的呼吁，进一步引起了海军界和政府的重视。

最终，经时任福州船政局局长陈兆锵主持，马江昭忠祠的扩修工程在1922年开工，因为国家拨款有限，从大总统黎元洪、海军总长刘冠雄等开始，海军界以及福州各界人士，乃至“经远”舰枪炮二副韩锦的后裔等，各方纷纷解囊捐资，终于促成了马江昭忠祠的全面扩修。时至当年的9月17日，即甲午黄海海战的纪念日当天，福州船政局等单位在马江昭忠祠举行仪式，正式迎甲午烈士名录入祀，首次实现了申午合祀。甲午北洋海军烈士在殉国二十余年后，终于得到官方的承认，位于马尾的马江昭忠祠也由此成了同时纪念甲申、甲午两场战役殉难海军将士的专祠，后被更名为海军昭忠祠。

此后到了民国南京政府时期，海军部于1933年将8月23日和9月17日定为海军纪念日，又于1936年进一步确定了马尾海军昭忠祠祭祀甲申、甲午烈士的祭典仪轨程式。抗日战争期间，马尾海军昭忠祠一度荒置，申午合祀的传统也疏离断绝。新中国成立后，马尾昭忠祠的纪念、祭祀功能渐渐恢复，但长期以祭祀中法马江之战烈士为主，到了2014年甲午战争120周年纪念之际，昭忠祠进行修整，重又恢复申午烈士合祀的传统。

至今，马尾的海军昭忠祠仍然是中国唯一的一处近代海军烈士纪念专祠。